همان طور که از نام هیات حل اختلاف بر می ­آید، وظیفه این هیات رسیدگی به شکایات مودیان و حل اختلافات میان آنها و سازمان امور مالیاتی است. زمانی که سازمان امور مالیاتی برای مودی احکامی چون «غیر قابل رسیدگی» یا «رد دفاتر» و غیره را صادر می کند و مودی حکم صادر شده را نپذیرفته و به آن اعتراض دارد به هیات حل اختلاف مراجعه کرده تا دلیل تایید یا رد احکام صادره برایش مشخص شود.

پس از آن که مودیان اظهارنامه خود را به سازمان امور مالیاتی ارائه می دهند در صورت عدم پذیرش اظهارنامه از سوی سازمان امور مالیاتی یا به خاطر اعتراض مودی به رای صادره از سوی سازمان امور مالیاتی، مودی می تواند به آن اعتراض کند. روند اعتراضات مودی در هیات حل اختلاف بررسی می شود.

طبق ماده 244 قانون مالیات مستقیم هیات اختلاف از سه نفر تشکیل شده اند. این سه نفر نماینده قانونی بخش های زیر هستند:

1. نماینده سازمان امور مالیاتی کشور: نماینده سازمان که توانایی شرکت در هیات حل اختلاف مالیاتی را داشته باشد، این نماینده باید شرایطی داشته باشد از جمله این که این نماینده باید یکی از کارمندان اداره امور مالیاتی کشور با حداقل ده سال سابقه خدمت باشد که لااقل 6 سال از دوران خدمتش را در امور مالیاتی مشغول به کار باشد و به مسائل مالیاتی کاملاً مطلع و آگاه باشد.
2. قاضی بازنشسته یا شاغل: اگر در شهرستان قاضی بازنشسته با شرایط مورد نظر سازمان امور مالیاتی پیدا نشود، به درخواست سازمان امورمالیاتی یک قاضی شاغل از سوی رئیس قوه قضاییه برای حضور در هیات حل اختلاف معرفی می شود. البته در استان و شهرستان ها این وظیفه به عهده روسای ادارات دادگستری مراکز استان است.
3. نماینده اتاق بازرگانی و صنایع و معادن یا اتاق تعاون و جامعه حسابداری و مجامع حرفه ای به انتخاب مودی: زمانی که برگ تشخیص مالیات به صورت قانونی ابلاغ شده باشد یا همزمان با تحویل اعتراض به برگ تشخیص مالیات در زمان قانونی، مودی می تواند نماینده مورد نظر خود را انتخاب نماید؛ در غیر این صورت سازمان امور مالیاتی با توجه به نوع فعالیت مودی و موضوع مالیات از بین نمایندگان یک نفر را انتخاب می­کند.